Có hai vấn đề môi trường chính, là ô nhiễm và lũ lụt.

Ô nhiễm nước thải của thành phố Sơn La làm mất đi vẻ đẹp thơ mộng của sông, ảnh hưởng đến nguồn cấp nước sinh hoạt, đặc biệt là cư dân vùng hạ nguồn [13].

Ô nhiễm đầu nguồn nước ở huyện Thuận Châu, cũng như du lịch vào thăm hang, đang gây ô nhiễm nước ở Thẳm Tát Tòng, là nguồn cấp nước sinh hoạt cho thành phố Sơn La [14].

Sự tàn phá rừng đầu nguồn thì làm cho lũ lụt ngày càng dữ dội, nhiều lần lũ quét qua đường phố gây thiệt hại về người và tài sản [15][16].